La sede canónica de la Hermandad es la Capilla de Ntro. Padre Jesús Nazareno, que se encuentra adosada a la Iglesia Parroquial Ntra. Sra. de la Asunción, pudiendo acceder desde ella, aunque la Capilla tiene su propia puerta al exterior.

 La Capilla fué construida a partir del año 1740. Concretamente, según los datos que posee la Hermandad, el 24 de octubre de dicho año empezaron las obras. Su construcción fué encargada por el entonces Beneficiado de la Parroquia, D. Juan Antonio Marín.

En ella se encuentran expuestas al culto las imágenes de Ntro. Padre Jesús Nazareno, en el camarín del altar principal y del Stmo. Cristo de la Misericordia en uno lateral.

 Esta Capilla estuvo cerrada al culto por problemas arquitectónicos en la techumbre y restaurada y reabierta en 1998. Se restauraron completamente la techumbre y bóveda y se redoró el retablo principal. Asímismo, se realizo un retablo simple para el Cristo de la Misericordia para aislarlo de la humedad. Se le dotó de un nuevo suelo de mármol blanco de Macael y se realizaron nuevos bancos en madera de iroko, todo ello donado por la Hermandad.

En la fachada exterior hay un monolito con una placa que muestra la felicitación del Grupo de Regulares de Melilla nº 52 a la Hermandad por su 250 Aniversario Fundacional.

A finales del mes de febrero de 2017, por deterioro e imposibilidad de restauración de la antigua, se colocó una nueva puerta exterior fabricada en madera de iroko réplica exacta de la anterior y donada por la Hermandad.